|
| Ders Bilgileri |
|
| Dersin Adı |
: |
Moleküler Genetik Analiz Yöntemleri |
|
| Dersin Kodu |
: |
BİO528 |
|
| Dersin Türü |
: |
Seçmeli |
|
| Dersin Aşaması |
: |
İkinci Aşama (Yüksek Lisans) |
|
| Dersin Yılı |
: |
1 |
|
| Dersin Dönemi |
: |
Güz ve Bahar (16 Hafta) |
|
| Dersin AKTS Kredisi |
: |
6 |
|
| Eğitici(ler)nin Adı |
: |
Öğr.Gör.Dr. MEHMET BERTAN YILMAZ
Doç.Dr. AYFER PAZARBAŞI
|
|
| Dersin Öğrenme Kazanımları |
: |
Genom analiz yöntemlerini öğrenmek
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) mekanizması ve optimizasyonunu öğrenme
DNA izolasyonunu öğrenme
PCR ürünlerinin agaroz ve poliakrilamit jel elektroforezini öğrenme
Çözeltilerin ve jellerin hazırlanması ve jellerin boyanmasını öğrenme
QF PCR yöntemini anlama ve uygulama
PCR ve QF PCR sonuçlarının analizi ve yorumlanması
PCR çeşitlerini öğrenme
Uygulama alanlarını (Mutasyon tarama, PCR RFLP, Dizi analizi, Gen klonlama) öğrenme
Real Time PCR yöntem ve uygulamaları
Blotlama teknikleri
|
|
| Dersin Veriliş Şekli |
: |
Örgün (Yüz Yüze) |
|
| Dersin Önkoşulları |
: |
BİO501 Temel Tıbbi Biyoloji
BİO502 Temel Tıbbi Genetik
|
|
| Ders Hakkında Önerilen Diğer Hususlar |
: |
Yok |
|
| Dersin Amacı |
: |
Genom analiz yöntemleri, Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) mekanizması ve optimizasyonu, DNA izolasyonu, PCR ürünlerinin agaroz ve poliakrilamit jel elektroforezi, Çözeltilerin ve jellerin hazırlanması ve jellerin boyanması, QF PCR yöntemi, PCR ve QF PCR sonuçlarının analizi ve yorumlanması, PCR çeşitleri, Real Time PCR yöntem ve uygulamaları, Blotlama teknikleri, Uygulama alanlarının (PCR RFLP, Dizi analizi, Gen klonlama) öğrenilmesi. |
|
| Dersin İçeriği |
: |
Genom analiz yöntemleri, Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) mekanizması ve optimizasyonunu, DNA izolasyonu, PCR ürünlerinin agaroz ve poliakrilamit jel elektroforezi, Çözeltilerin ve jellerin hazırlanması ve jellerin boyanması, QF PCR yöntemi, PCR ve QF PCR sonuçlarının analizi ve yorumlanması, PCR çeşitleri ve Uygulama alanları (Mutasyon tarama, PCR RFLP, Dizi analizi, Gen klonlama), Real Time PCR yöntem ve uygulamaları, Blotlama teknikleri |
|
| Dersin Dili |
: |
Türkçe |
|
| Dersin Yeri |
: |
Seminer odası |
|
|
Ders Planı |
| Hafta | Konu | Öğrencinin Ön Hazırlığı | Öğrenme Aktiviteleri ve Öğretme Yöntemleri |
|
1 |
Genom analiz yöntemlerini öğrenme |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek sorular ve uygulamalar |
|
2 |
Polimeraz zincir reaksiyonunun (PCR) mekanizmasını öğrenme |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek sorular ve uygulamalar |
|
3 |
Polimeraz zincir reaksiyonunun (PCR) optimizasyonunu öğrenme |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek sorular ve uygulamalar |
|
4 |
DNA izolasyonunu öğrenme |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek sorular ve uygulamalar |
|
5 |
PCR ürünlerinin agaroz ve poliakrilamit jel elektroforezini öğrenme |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek sorular ve uygulamalar |
|
6 |
Çözeltilerin ve jellerin hazırlanması ve jellerin boyanmasını öğrenme |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek sorular ve uygulamalar |
|
7 |
QF PCR yöntemini anlama ve uygulama |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek sorular ve uygulamalar |
|
8 |
Ara sınav |
Çoktan seçmeli soru hazırlama |
Sorular ve uygulamalar |
|
9 |
PCR çeşitlerini öğrenme, |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek sorular ve uygulamalar |
|
10 |
PCR ve QF PCR sonuçlarının analizi ve yorumlanması |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek sorular ve uygulamalar |
|
11 |
Real Tıme PCR yöntem ve uygulamalarını öğrenme |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek sorular ve uygulamalar |
|
12 |
Blotlama tekniklerini öğrenme |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek sorular ve uygulamalar |
|
13 |
Uygulama alanlarının (Mutasyon tarama, PCR RFLP) öğrenilmesi. |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek sorular ve uygulamalar |
|
14 |
Uygulama alanlarının (Dizi analizi, Gen klonlama) öğrenilmesi. |
Literatür tarama ve okuma |
Okunacak sayfalar, incelenecek web içeriği, sunular, örnek |
|
15 |
Konuların tekrarı ve beyin fırtınası |
Soru hazırlama |
Beyin fırtınası, farklı soruların tartışılması |
|
16/17 |
Final |
|
|
|
|
|
Önerilen Kaynak ve Okumalar |
| Kaynak Türü | Kaynak Adı |
| Ders Notu ve Kitaplar |
 Tıbbi Biyoloji ve Genetik, Editör: Prof. Dr. Halil Kasap, Nobel Tıp Kitabevi, Adana, 2010
Sambrook J and Russell DW. Molecular cloning, A Laboratory Manual. Third Edition. CSHL Press, 2001, 6.8-6.9
Klug WS, Cummings MR. Genetik Kavramlar, Altıncı baskıdan çeviri. Çev. Ed: Öner C. 2002; Palme yayıncılık.
Cooper GM. The Cell: A Molecular Approach, 2nd edition, 2007
|
| |
| Diğer Kaynaklar |
Pazarbaşı A, Kasap M, Vardar MA, Alptekin D, Güzel AI, Lüleyap HÜ, Altıntaş A, Doran F. Screening of Codon 236, 238, 244, 248 and 259 Mutations of p53 Gene in Ovarian and Endometrial Carcinomas by RFLP Analysis. Ç.Ü.Sağlık Bil.Derg. 2007,23(2,3):1-8.
Pazarbaşı A., M. Kasap, AI. Güzel, H. Kasap, M. Onbaşıoğlu, B. Özbakır, A. Demirkazık, FT. Özgünen, E. Gürtunç, “Polymorphisms in the tumor necrosis factor-alpha gene in Turkish women with pre-eclampsia and eclampsia,” Acta Medica Okayama, 61(3), 153-160 (2007).
Güzel AI, O Demirhan, A Pazarbaşı, FT Ozgunen, S Kocaturk-Sel, D Tastemir. “Detection of Parental Origin and Cell Stage Errors of Double Non-disjunction in a Fetus by QF-PCR Using STR Markers”. Genetic-Testing, 2009;Volume.13(1): 73-77.
|
|
|
|
Değerlendirme (Sınav) Yöntemleri ve Kriterleri |
|
Yarıyıl/Yıl İçi Değerlendirmeleri |
Sayısı |
Katkı Yüzdesi |
|
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) |
1 |
80 |
|
Ödev/Proje/Diğer |
7 |
20 |
|
Toplam |
100 |
|
Yarıyıl/Yıl İçi Değerlendirmelerinin Başarıya Katkısı |
40 |
| |
|
Yarıyıl/Yıl Sonu Değerlendirmesi
|
100 |
|
Yarıyıl/Yıl Sonu Değerlendirmesinin Başarıya Katkısı
|
60 |
|
Toplam |
100 |
|
|
| Dersin Temel Öğrenme Kazanımlarına Katkısı |
| No | Temel Öğrenme Kazanımı | Katkısı* |
|
1 |
Üç temel alanın (felsefe, sosyoloji, psikoloji) teorik alanda yapılan tartışmalarını günümüz sorunlarıyla ilişkilendirerek açıklar |
3 |
|
2 |
Doku ve organ sistemlerinin fonksiyonlarını bilmeli. |
2 |
|
3 |
Genetik materyalin yapısını bilmeli. |
5 |
|
4 |
Genetik hastalıkları ve hastalıklara neden olan genleri bilmeli. |
5 |
|
5 |
Moleküler ve sitogenetik tetkik ve analizleri yapabilmeli. |
5 |
|
6 |
Otozomal ve seks kromozomlarının sayısal ve yapısal anomalilerinin ne anlama geldiğini bilmeli ve açıklayabilmeli. |
2 |
|
7 |
Her türlü dokudan DNA izolasyonunu yapabilmeli. |
5 |
|
8 |
PCR yapabilmeli. |
5 |
|
9 |
Agaroz ve poliakrilamid jel elektroforezini yapabilmeli ve yorumlayabilmeli. |
5 |
|
10 |
Dokudan elde ettiği DNA´yı spektrofotometrede ölçebilmeli. |
5 |
|
11 |
QF-PCR tekniğini uygulama ve yorumlama becerisine sahip olmalı. |
5 |
|
12 |
Kan, amniyon, koryon villüs biyopsi örneklerinden hücre kültürü yapabilmeli, kromozom preparatını elde edebilmeli. |
1 |
|
13 |
Elde edilen kromozom preparatlarından karyotip analizini yapabilmeli, insan kromozomlarının tamamını tanıyabilmeli ve yorumlayabilmelidir. |
1 |
|
14 |
Bilimsel bir makaleyi yorumlayabilme ve makale nasıl yazılır öğrenmeli. |
1 |
|
15 |
Genlerin yapısını bilmeli. |
5 |
|
16 |
Kromozom ve gen mutasyonlarını bilmeli. |
4 |
|
17 |
Kalıtım biçimlerini (otozomal dominant, otozomal resesif, cinsiyete bağlı dominant ve resesif kalıtım modelleri) bilmeli. |
2 |
| * Katkı düzeyleri 0 (yok) ve 5 (en yüksek) arasında ifade edilmiştir. |
|
|
| Öğrenci İş Yükü - AKTS |
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | Toplam İş Yükü (Saat) |
| Ders ile İlgili Çalışmalar |
|
Ders (Sınav haftaları dahil değildir) |
13 |
6 |
78 |
|
Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) |
13 |
4 |
52 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar |
|
Ödev, Proje, Diğer |
7 |
3 |
21 |
|
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) |
1 |
1 |
1 |
|
Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı |
1 |
1 |
1 |
|
Toplam İş Yükü: | 153 |
| Toplam İş Yükü / 25 (s): | 6.12 |
| Dersin AKTS Kredisi: | 6 |
|
|
|