|
| Ders Bilgileri |
|
| Dersin Adı |
: |
Biyoinformatiğe Giriş |
|
| Dersin Kodu |
: |
ZO-615 |
|
| Dersin Türü |
: |
Seçmeli |
|
| Dersin Aşaması |
: |
İkinci Aşama (Yüksek Lisans) |
|
| Dersin Yılı |
: |
1 |
|
| Dersin Dönemi |
: |
Güz (16 Hafta) |
|
| Dersin AKTS Kredisi |
: |
6 |
|
| Eğitici(ler)nin Adı |
: |
Prof.Dr. ZEYNEL CEBECİ
|
|
| Dersin Öğrenme Kazanımları |
: |
Biyoinformatik çalışma konularını anlama
Biyoinformatik bilgi kaynaklarını tarama
Gen ve protein veritabanları ile çalışma
BLAST algoritmalarını anlama
Nükleotid ve protein dizileri için homoloji araştırmaları yapma
Filogenetik ağaç grafikleri çizme
Farklı türler, genler ve/ya proteinler için genomik, proteomik, taksonomik ve bibliyografik verileri arama ve erişme
|
|
| Dersin Veriliş Şekli |
: |
Örgün (Yüz Yüze) |
|
| Dersin Önkoşulları |
: |
Yok |
|
| Ders Hakkında Önerilen Diğer Hususlar |
: |
Yok |
|
| Dersin Amacı |
: |
Bu ders biyoinformatik bilgi kaynakları, protein ve gen veritabanları; gen ve protein dizileri için BLAST algoritmalarını öğretmek amacındadır. |
|
| Dersin İçeriği |
: |
Bu ders, biyoinformatik bilgi kaynakları, BLAST ile protein ve nükleotid dizilerini karşılaştırma ve yorumlama; gen, genom ve protein veritabanlarında arama ve analiz yapma; belli bir gen ve/ya proteini esas alarak homoloji araştırmaları yapma konularını içermektedir. |
|
| Dersin Dili |
: |
Türkçe |
|
| Dersin Yeri |
: |
Derslik |
|
|
Ders Planı |
| Hafta | Konu | Öğrencinin Ön Hazırlığı | Öğrenme Aktiviteleri ve Öğretme Yöntemleri |
|
1 |
Biyoinformatiğe giriş: Temel terimler ve kavramlar |
yok |
yok |
|
2 |
Biyolojik bilginin organizasyonu, bilgi sistemleri |
yok |
yok |
|
3 |
Nükleik asitler ve amino asitler, protein sentezine giriş |
yok |
yok |
|
4 |
Genomik ve protoemik bilgi kaynakları ve sistemleri |
yok |
yok |
|
5 |
Genel, yerel ve çoklu karşılaştırma algoritmaları |
yok |
yok |
|
6 |
BLAST algoritmaları ve Genebank |
yok |
yok |
|
7 |
BLAST ile nükleotid ve protein karşılaştırmaları |
yok |
yok |
|
8 |
Ara sınav |
yok |
yok |
|
9 |
Filogenetik ağaçlar |
yok |
yok |
|
10 |
Proje Çalışmaları 1 |
yok |
yok |
|
11 |
Proje Çalışmaları 2 |
yok |
yok |
|
12 |
Proje Çalışmaları 3 |
yok |
yok |
|
13 |
Proje Çalışmaları 4 |
yok |
yok |
|
14 |
Proje Çalışmaları 5 |
yok |
yok |
|
15 |
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık |
yok |
yok |
|
16/17 |
Yarıyıl sonu sınavı |
yok |
yok |
|
|
|
Önerilen Kaynak ve Okumalar |
| Kaynak Türü | Kaynak Adı |
| Ders Notu ve Kitaplar |
 Weissig, H. (2005). Computer Skills for Biotechnology. http://www.bioinformaticscourses.com/BIOL358/lectures.html
David Mount. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Second Edition
Richard Durbin, Sean R. Eddy, Anders Krogh, Graeme Mitchison. Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids.
Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Wiley-Interscience
D. Lopresti (2010). Introduction to Bioinformatics. http://www.lehigh.edu/~inbios21/PDF/Fall2010/Lopresti_10082010.pdf
M Gerstein. Bioinformatics Introduction . http://bioinfo.mbb.yale.edu/mbb452a/intro/
SB Nagl. Introduction to Bioinformatics. http://www.imtech.res.in/raghava/slides/dbase.ppt
N.C. Jones, P.l A. Pevzner (2004) An Introduction to Bioinformatics Algorithms.ISBN-10: 0262101068
T Can (2009). Introduction to Bioinformatics. http://ocw.metu.edu.tr/course/view.php?id=37
|
| |
| Diğer Kaynaklar |
S. Taylor. Introduction to Bioinformatics. http://www.compbio.ox.ac.uk/presentations/CBRGPostGrad2008_ptI.pdf
NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Weissig H. (2005). Bioinformatics Applications in Target Identification and Validation. http://www.bioinformaticscourses.com/targetid/lecture2005.html
|
|
|
|
Değerlendirme (Sınav) Yöntemleri ve Kriterleri |
|
Yarıyıl/Yıl İçi Değerlendirmeleri |
Sayısı |
Katkı Yüzdesi |
|
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) |
1 |
60 |
|
Ödev/Proje/Diğer |
4 |
40 |
|
Toplam |
100 |
|
Yarıyıl/Yıl İçi Değerlendirmelerinin Başarıya Katkısı |
40 |
| |
|
Yarıyıl/Yıl Sonu Değerlendirmesi
|
100 |
|
Yarıyıl/Yıl Sonu Değerlendirmesinin Başarıya Katkısı
|
60 |
|
Toplam |
100 |
|
|
| Dersin Temel Öğrenme Kazanımlarına Katkısı |
| No | Temel Öğrenme Kazanımı | Katkısı* |
|
1 |
Lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak Zootekni alanında bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirerek derinleştirme
Uzmanlaştığı alanda disiplinler arası etkileşimi sağlayabilir
|
5 |
|
2 |
Yüksek lisans düzeyi kuramsal ve teorik ve uygulamalı bilgiyi kullanarak zootekninin diğer konularla bağlantılı olarak bir konuda bilgi ve teroiler üretebilir
Konusunda mevcut sorunları bilimsel araştırma metodlarını kullanarak neden sonuç ilişkisini ortaya koyabilir
|
5 |
|
3 |
Zootekni konusunda yaşanan bir problemin tespiti ve bununla ilgili çözüme yönelik bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilir
Çalışma sırasında ortaya çıkabilecek problemler için çözüm yolu araştırıp bu konuda stratejik yaklaşımlar geliştirebilir
|
4 |
|
4 |
Zootekni konusunda son gelişmeler ve temel bilgi kaynaklarına ulaşabilir ve bunlardan konusu ile ilgili bilgileri alarak derleyebilir
Mevcut çalışmaları değerlendirerek yeni bir bilgi ve senteze ulaşabilr bu bilgileri yönlendirebilir
Edindiği bilgileri sürekli kullanma ve mesleğinde gelişme sağlayacak uygulamaları takip eder.
|
5 |
|
5 |
Zootekni konusunda bilgileri derleyerek yorumlama ve sentez yaparak yeni ve üzere toplumsal katkı sağlamak için kullanabilir
Zootekni konusunda bir plan program ve çerçeve oluşturarak bu konuda toplam kalite kriterlerini dikkate alarak değerlendirme yapabilir
Zootekni alanında edindiği bilgi ve becerileri diğer disiplinler ile ortak çalışmalarda kullanbilir.
|
5 |
|
6 |
Yaptığı çalışma edindiği bilgileri topuluklara veya ilgili kişilere yazılı ve sözlü olarak sunablir ve konuyu tarışarak bilgiyi aktarabilir. Çağın gereklerini yakalamak için en az bir yabancı dili, konuşma ve yazma düzeyinde kullanabilecek düzeyde bilir. Kendini ve bilgilerini ifade edebilmek içini bilgisayar programlarını, bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanabilir. |
0 |
| * Katkı düzeyleri 0 (yok) ve 5 (en yüksek) arasında ifade edilmiştir. |
|
|
| Öğrenci İş Yükü - AKTS |
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | Toplam İş Yükü (Saat) |
| Ders ile İlgili Çalışmalar |
|
Ders (Sınav haftaları dahil değildir) |
13 |
4 |
52 |
|
Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) |
5 |
10 |
50 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar |
|
Ödev, Proje, Diğer |
4 |
10 |
40 |
|
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) |
1 |
3 |
3 |
|
Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı |
1 |
3 |
3 |
|
Toplam İş Yükü: | 148 |
| Toplam İş Yükü / 25 (s): | 5.92 |
| Dersin AKTS Kredisi: | 6 |
|
|
|