|
| Ders Bilgileri |
|
| Dersin Adı |
: |
Mikrodizilerin İstatistik Analizi |
|
| Dersin Kodu |
: |
BT-507 |
|
| Dersin Türü |
: |
Seçmeli |
|
| Dersin Aşaması |
: |
İkinci Aşama (Yüksek Lisans) |
|
| Dersin Yılı |
: |
1 |
|
| Dersin Dönemi |
: |
Güz (16 Hafta) |
|
| Dersin AKTS Kredisi |
: |
6 |
|
| Eğitici(ler)nin Adı |
: |
Prof.Dr. ZEYNEL CEBECİ
|
|
| Dersin Öğrenme Kazanımları |
: |
Gen tanımı, gen kümeleme ve ilgili diğer yöntemlerin istatistiksel analizini öğrenmek
Mikrodizi verilerinin istatistik analizini yapmak ve yorumlamak
Gen çalışmaları ile ilgili biyoinformatik bilgi kaynakları ve veritabanlarını kullanmak
|
|
| Dersin Veriliş Şekli |
: |
Örgün (Yüz Yüze) |
|
| Dersin Önkoşulları |
: |
Yok |
|
| Ders Hakkında Önerilen Diğer Hususlar |
: |
Yok |
|
| Dersin Amacı |
: |
Bu ders, gen ifadesi başta olmak üzere genomik / mikrodizi denemelerinden edilen verilerin istatistik analizini öğretmektir. |
|
| Dersin İçeriği |
: |
Mikrodizi denemelerinin tasarımı, mikrodizi görüntülerinin normalleştirilmesi, kalite kontrolü ve restorasyonu, tanımlayıcı istatistik analizler ve ayrıştırma ifadelerinin testleri bu derste işlenen konulardır. |
|
| Dersin Dili |
: |
Türkçe |
|
| Dersin Yeri |
: |
Derslik |
|
|
Ders Planı |
| Hafta | Konu | Öğrencinin Ön Hazırlığı | Öğrenme Aktiviteleri ve Öğretme Yöntemleri |
|
1 |
Mikrodizi teknolojisine giriş, temel kavram ve terimler |
Yok |
Yok |
|
2 |
Mikrodizi bileşenleri: Diziler, Problar, Saptama |
Internet´te mikrodizi araştırması yapmak |
İnternet/Bilgisayar çalışması |
|
3 |
Görüntü işleme yazılımları |
Internet´te mikrodizi analizi uygulamalarını araştırmak |
İnternet/Bilgisayar çalışması |
|
4 |
Hibridizasyon, normalizasyon ve filtreleme |
Görüntü işleme işleme ile ilgili kısa öğretici kaynaklardan birinin okunması |
Okuma |
|
5 |
Tanımlayıcı istatistikler |
R yazılımının indirilmesi ve bilgisayara kurulması |
İnternet/Bilgisayar çalışması |
|
6 |
Çoklu karşılaştırma testleri |
Duncan, Tukey, LSD vb çoklu karşılaştırma testleri ile örnek çözme |
Uygulama |
|
7 |
Yönetimli sınıflama |
Sınıflama yöntemleri konusunda kitap bölümlerinden birini okuma |
Okuma |
|
8 |
Ara sınav |
Sınava hazırlanma |
Bireysel/grup çalışması |
|
9 |
Gen Kümelemesi |
Gen kümeleme yöntemleri konusunda bir kitap bölümü okuma |
Okuma |
|
10 |
Ayırsama Analizi |
Ayırsama analizi konusunda bir kitap bölümü okuma |
Okuma |
|
11 |
Mikrodizi Denemelerine İişkin Biyoinformatik Bilgi Kaynakları |
Internet´te biyoinformatik bilgi kaynakları konusunda araştırma yapma |
İnternet/Bilgisayar çalışması |
|
12 |
Proje Çalışması - Örnek 1 |
Proje sunumuna hazırlanma |
İnternet/Bilgisayar çalışması |
|
13 |
Proje Çalışması - Örnek 2 |
Proje sunumuna hazırlanma |
İnternet/Bilgisayar çalışması |
|
14 |
Proje Çalışması - Örnek 3 |
Proje sunumuna hazırlanma |
İnternet/Bilgisayar çalışması |
|
15 |
Yarıyıl sonu sınavına hazırlık |
Preparing for final exam |
Bireysel/grup çalışması |
|
16/17 |
Yarıyıl sonu sınavı |
Preparing for final exam |
Bireysel/grup çalışması |
|
|
|
Önerilen Kaynak ve Okumalar |
| Kaynak Türü | Kaynak Adı |
| Ders Notu ve Kitaplar |
 J van Helden (2002). Statistical analysis of microarray data. http://www.bigre.ulb.ac.be/Users/jvanheld/web_course_microarrays/
Getting started with microarray analysis in R. http://www.humgen.nl/microarray_analysis_getting_started_with_R.doc
A Pohl, 2003. Microarray Analysis with R. http://classes.soe.ucsc.edu/bme210/Winter03/lectures/Bio210w03-Lect06-R-Biocond-Intro.pdf
Using R to draw a Heatmap from Microarray Data. http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/people/students/peter_cock/r/heatmap/
DNA microarray data analysis using R / Bioconductor. http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/R2007
Prediction Analysis for Microarrays, for the R package. http://www-stat.stanford.edu/~tibs/PAM/Rdist/index.html
Microarray analysis exercises 1 - with R. http://jura.wi.mit.edu/bio/education/bioinfo2007/arrays/array_exercises_1R.html
|
| |
| Diğer Kaynaklar |
Statistics in Biotechnology. http://www.intesoft.com/produits/tech/systat/resources/pdf/StatBiotech.pdf
Microarray - How Does It Work? http://www.unsolvedmysteries.oregonstate.edu/microarray_07
The GENSCAN Web Server at MIT. http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
MicoVito. http://www.transcriptome.ens.fr/micovito/
Microarray Techniques. http://www.cs.columbia.edu/4761/notes07/chapter5.2-microarray.pdf
Microarrays. The basics. http://faculty.ucr.edu/~tgirke/HTML_Presentations/Manuals/Microarray/arrayBasics.pdf
Smyth, G. K. (2005). Limma: linear models for microarray data. In: Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor, R. Gentleman, V. Carey, S. Dudoit, R. Irizarry, W. Huber (eds.), Springer, New York, pages 397–420. http://www.statsci.org/smyth/pubs/limma-biocbook-reprint.pdf
|
|
|
|
Değerlendirme (Sınav) Yöntemleri ve Kriterleri |
|
Yarıyıl/Yıl İçi Değerlendirmeleri |
Sayısı |
Katkı Yüzdesi |
|
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) |
1 |
40 |
|
Ödev/Proje/Diğer |
3 |
60 |
|
Toplam |
100 |
|
Yarıyıl/Yıl İçi Değerlendirmelerinin Başarıya Katkısı |
40 |
| |
|
Yarıyıl/Yıl Sonu Değerlendirmesi
|
100 |
|
Yarıyıl/Yıl Sonu Değerlendirmesinin Başarıya Katkısı
|
60 |
|
Toplam |
100 |
|
|
| Dersin Temel Öğrenme Kazanımlarına Katkısı |
| No | Temel Öğrenme Kazanımı | Katkısı* |
|
1 |
- Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirebilme ve öğrenmesini yönlendirebilme |
1 |
|
2 |
Alanındaki güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, nicel ve nitel veriler ile destekleyerek, alanındaki ve alan dışındaki gruplara, yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli biçimde aktarabilme |
2 |
|
3 |
Alana ilişkin uluslararası çalışmaları takip edebilme, uluslar arası düzeyde çeşitli sosyal etkileşim ve bilimsel çalışma grupları içinde yer alma ve kendi çalışmalarını uluslar arası düzeyde paylaşabilmek için en az bir yabancı dilde iletişim becerilerine sahip olmak |
3 |
|
4 |
Biyoteknoloji alanının gerektirdiği düzeyde bilgisayar yazılımı ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini yeterli düzeyde kullanabilme |
5 |
|
5 |
Alanında özümsedikleri bilgiyi, problem çözme ve/veya uygulama becerilerini, disiplinler arası çalışmalarda kullanabilme |
4 |
|
6 |
Biyoteknoloji bilimine ilişkin genel bilgi birikimini, çalışma alanına ilişkin temel teori ve uygulamalar çerçevesinde derinleştirmek, alanına ilişkin teori ve uygulamalar arasındaki ilişkileri değerlendirebilmek |
3 |
|
7 |
Alana ilişkin yürütülen çalışmalarda toplumsal, bilimsel ve etik değerlerin farkında olarak; araştırma sürecini bu değerler çerçevesinde yürütebilmek |
2 |
|
8 |
Biyoteknoloji alanıyla ilgili varsayım, düşünce ve teorileri şüpheci, mantıksal, analitik ve bağımsız bir bakış açısıyla ele alarak eleştirel bir gözle değerlendirebilmek |
5 |
|
9 |
Doğal ve uygulamalı bilimlerde uygulanan modern teknik ve yöntemler ile bunların sınırları hakkında kapsamlı bilgi edinme |
5 |
|
10 |
Biyoteknoloji alanında bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirebilme ve derinleştirebilme |
5 |
|
11 |
Biyoteknolojinin ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrayabilme |
2 |
|
12 |
Biyoteknolojide edindiği bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yorumlayabilme ve yeni bilgiler oluşturabilme |
5 |
|
13 |
Alanını ile ilgili karşılaşılan sorunları araştırma yöntemlerini kullanarak çözümleyebilme |
2 |
|
14 |
Alanını ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilme |
1 |
|
15 |
Biyoteknoloji ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunların çözümü için yeni stratejik yaklaşımlar geliştirebilme ve sorumluluk alarak çözüm üretebilme |
4 |
|
16 |
Biyoteknoloji ile ilgili sorunların çözümlenmesini gerektiren ortamlarda liderlik yapabilme |
1 |
| * Katkı düzeyleri 0 (yok) ve 5 (en yüksek) arasında ifade edilmiştir. |
|
|
| Öğrenci İş Yükü - AKTS |
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | Toplam İş Yükü (Saat) |
| Ders ile İlgili Çalışmalar |
|
Ders (Sınav haftaları dahil değildir) |
14 |
4 |
56 |
|
Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) |
14 |
2 |
28 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar |
|
Ödev, Proje, Diğer |
3 |
10 |
30 |
|
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) |
1 |
14 |
14 |
|
Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı |
1 |
14 |
14 |
|
Toplam İş Yükü: | 142 |
| Toplam İş Yükü / 25 (s): | 5.68 |
| Dersin AKTS Kredisi: | 6 |
|
|
|